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小伙伴們好啊，小果和大家又見(jiàn)面了，大家在做GSEA分析的時(shí)候有沒(méi)有想過(guò)，那些富集用的數(shù)據(jù)庫(kù)里面有哪些基因，我們找基因集的時(shí)候能不能從這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)里找，接下來(lái)就讓我們一起來(lái)了解一下吧。

Gene Set Enrichment Analysis，中文名稱為基因集富集分析，是由Broad Institute研究所的科學(xué)家提出的一種富集方法，在提出該方法的同時(shí)還對(duì)應(yīng)提供了分析的軟件GSEA和一個(gè)基因集數(shù)據(jù)庫(kù)MSigDB。

對(duì)于human的基因，從位置，功能，代謝途徑，靶標(biāo)結(jié)合等多種角度出發(fā)，構(gòu)建出了許多的基因集合，一個(gè)基因集合中就是具有相近位置或類似功能的許多基因的，Broad Institute研究所將它們構(gòu)建的基因集合保存在MSigDB數(shù)據(jù)庫(kù)中。

這里的基因集有九個(gè)大類

01H: hallmark gene sets

該類別包含了由多個(gè)已知的基因集構(gòu)成的超基因集，每個(gè)H類別的基因集都對(duì)應(yīng)多個(gè)基礎(chǔ)的其他類別的基因集。共包含50個(gè)基因集。

02C1: positional gene sets

該類別包含人類每條染色體上的不同cytoband區(qū)域?qū)?yīng)的基因集合。根據(jù)不同染色體編號(hào)進(jìn)行二級(jí)分類。包含299個(gè)基因集。

03?C2:curated gene sets

該類別包含了已知數(shù)據(jù)庫(kù)，文獻(xiàn)和專家支持的基因集信息。

04?C3 : regulatory target gene sets

該類別包含了miRNA靶基因和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域等基因集合。

05C4 : computational gene sets

該類別包含計(jì)算機(jī)軟件預(yù)測(cè)出來(lái)的基因集合，主要是和癌癥相關(guān)的基因。

06C5 : GO gene sets

該類別包含了Gene Ontology對(duì)應(yīng)的基因集合，分為3大類別，即BP,MF,CC。

每個(gè)基因集對(duì)應(yīng)一個(gè)GO term。

07C6 : oncogenic signatures

該類別包含已知條件處理后基因表達(dá)量發(fā)生變化的基因，包括189個(gè)基因集。

08C7 : immunologic signatures

該類別包含了免疫系統(tǒng)功能相關(guān)的基因集合。

09C8 : cell type signature gene sets

包含在人類組織的單細(xì)胞測(cè)序研究中確定的細(xì)胞類型的簇標(biāo)記物的基因集，共包含700個(gè)基因集。

功能通路的開(kāi)頭可以幫助我們快速找到想要的基因集，如HP_SEVERE_LACTIC_ACIDOSIS，HP開(kāi)頭，需要在C5的HPO里找。

好了，小伙伴們，這就是今天的主要內(nèi)容了，小伙伴們有什么問(wèn)題歡迎和小果討論分享啊

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