與兩京制相配合，明朝以北京和南京為中心設(shè)置了北直隸省（約為如今的河北）和南直隸?。s為如今的安徽、江蘇、上海）。為了凸顯兩京的特殊地位，兩個直隸省下屬的府州縣全部由京師衙門直轄，而沒有設(shè)置布政使、按察使和都指揮使。
正因如此，明朝的南京六部衙門實際上就是南直隸省的布政使、按察使和都指揮使。比如其他省份的鄉(xiāng)試由各省的布政使衙門負(fù)責(zé)，南直隸省的鄉(xiāng)試則由南京禮部和南京翰林院負(fù)責(zé)；其他省份的刑名由按察使負(fù)責(zé)，南直隸省的刑名則由南京刑部負(fù)責(zé)。
另外，明成祖雖然遷都北京，但還是把一部分中央職能留在了南京。比如明朝全國的黃冊（核實戶口的版籍檔案）在遷都北京之后依然保存在南京戶部。再比如南京工部也負(fù)責(zé)北京皇宮的器物制造和江南地區(qū)的工程修建，職權(quán)范圍都超過南直隸省。
在明朝的南京六部中，南京兵部的實際權(quán)力是最大的。南京兵部負(fù)責(zé)包括南直隸在內(nèi)的整個江南地區(qū)的軍事防務(wù)，名義上管轄的兵力多達(dá)二十幾萬。南京兵部還負(fù)責(zé)江南地區(qū)的馬政、船政和驛站事務(wù)，明朝東南的軍政大權(quán)大半在南京兵部。
綜合來講，明朝遷都北京之后，南京六部的地位權(quán)力確實大幅下降。但在南直隸省的范圍之內(nèi)，南京六部依然擁有地方權(quán)力，而有些衙門的權(quán)力范圍更是覆蓋了最富庶的東南地區(qū)。
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